Вебинар: Омикрон в России
1 февраля 2022 года при поддержке компании Альбиоген, состоялся вебинар «Омикрон в России и в мире: эпидемиология, диагностика и особенности клинического течения». На мероприятии присутствовало более 1000 слушателей.
Темами докладов были эпидемиологические особенности нового штамма, диагностика коронавирусной инфекции во время сосуществования дельты и омикрона на территории страны, клиническая картина при COVID-19, вызванном омикроном.
Дарья Даниленко, заместитель директора по научной работе ФГБУ НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева Минздрава России (Санкт-Петербург), напомнила основные особенности вариантов SARS-CoV-2, вызывающих опасения (VOC), от альфы до омикрона. Согласно рабочему определению ВОЗ, к категории VOC относятся варианты, с которыми связаны опасные изменения в эпидемиологии. Первые сообщения об омикроне появились в ноябре 2021, как о варианте с рекордным числом мутаций — свыше 50 аминокислотных замен. Омикрон распространяется с невероятной скоростью: если дельта захватила мир за четыре месяца, омикрон — всего за два.
Рост заболеваемости в РФ поражает, но число госпитализаций достаточно стабильно, и есть надежда, что заболеваемость быстро схлынет. Вероятно, вскоре можно будет говорить о превращении коронавируса в сезонный вирус. Удастся ли сделать универсальную вакцину против всех штаммов коронавируса, или же придется, как с гриппом, ежегодно обновлять вакцины, покажет время.
С докладом о расшифровке вспышки COVID-19, вызванной ранним вариантом омикрона в Санкт-Петербурге, выступил Георгий Базыкин, профессор Сколтеха, заведующий лабораторией молекулярной эволюции ИППИ им.А.А.Харкевича РАН (Москва). Докладчик презентовал результаты российский консорциума по секвенированию генома SARS-CoV-2 - CoRGI, где ключевая организация — НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева, а группа Базыкина занимается обработкой данных. Россия практически все время находилась в пятерке стран с максимальным числом случаев коронавирусной инфекции, и вероятно, опередит большинство стран и по добавленной смертности во время пандемии, отметил докладчик. При этом мы знаем, каким штаммом вызвано заболевание, лишь для малой доли случаев. Если в Великобритании секвенируется 10%, в ЮАР около 1%, то в РФ — всего около 0,1%. Для исправления этой ситуации был создан CoRGI
О методах молекулярной диагностики, позволяющих различать варианты коронавируса, рассказал Герман Шипулин, заместитель генерального директора по научно-производственной деятельности ФГБУ «Центр стратегического планирования» (ЦСП) ФМБА России. Центр стратегического планирования давно занимается разработкой тестов, выявляющих варианты SARS-COV-2, прежде всего для эпидемиологического мониторинга . В начале января получил регистрационное удостоверение тест на основе ОТ-ПЦР, дифференцирующий дельту и омикрон.
На данный момент в Москве уже более 90% случаев коронавирусной инфекции вызваны омикроном. Пока нельзя сказать с уверенностью, вытеснит ли он дельту окончательно, будут ли они сосуществовать в течение длительного времени или, возможно, дельта сумеет вернуться . Поэтому важно различать два этих варианта, как в целях эпидмониторинга, так и при ведении отдельных пациентов, особенно из группы риска.
Вебинар завершил доклад Томаша Шемеса (Tomáš Szemes), руководителя департамента геномики и биоинформатики научного парка Университета Корнелиуса в Братиславе. Он поделился опытом секвенирования геномов коронавируса в Словакии. Цель , поставленная на государственном уровне — секвенировать не менее 10% всех случаев коронавирусной инфекции в стране. Образцы из 40 лабораторий направляют в центры секвенирования, включая лабораторию Шемеса.
Сейчас основной задачей исследователей является отслеживание распространения омикрона, проводится быстрое секвенирование случайно выбранных образцов.
Все исследования проводятся на платформах illumina (Next Seq), в том числе с использованием набора по детекции генома вируса Illumina® COVIDSeq™ Test. Результаты загружаются в ENA COVID-19 Data portal. Словакия занимает шестое место в European COVID-19 Data Platform.
«Мы ищем что-то, что может прийти за омикроном», — сказал Шемес. Помимо секвенирования клинических образцов, его лаборатория исследует экзомы заболевших в поисках факторов, влияющих на протекание болезни, ищет внеклеточные циркулирующие биомаркеры COVID-19, а также занимается секвенированием образцов сточных вод в рамках мониторинга коронавирусной инфекции.
https://emea.illumina.com/products/by-type/ivd-products/covidseq.html
Источник: https://pcr.news/