TruSight RNA Pan-Cancer
TruSight RNA Pan-Cancer Panel исследует 1385 раковых генов для определения экспрессии генов, вариантов и фьюженов во многих типах образцов РНК, включая кровь, костный мозг ткань FFPE.
TruSight RNA Pan-Cancer Panel
Панель исследует 1385 раковых генов - экспрессия генов, определение вариантов и обнаружение фьюженов во многих типах образцов РНК, включая кровь, костный мозг, ткань FFPE.
TruSight RNA Pan-Cancer panel предназначена для проведения детального анализа транскриптома рака. Особенности:
- Информация об экспрессии генов, определение вариантов, обнаружение фьюженов с известными и новыми партнёрами
-
Оптимизированный протокол для образцов с малым количеством стартового материала для целого комплекса различных типов образцов, включая FFPE
-
Комплексный взгляд на пути развития рака
-
Экономичное секвенирование РНК (RNA-Seq) на настольном секвенаторе
Высокочувствительное и экономически выгодное таргетное секвенирование
TruSight RNA Pan-Cancer panel позволяет количественно измерять экспрессию генов, а также обнаруживать фьюжены генов как с известными, так и с новыми фьюжен-партнёрами генов. Для работы с панелью достаточно всего 10 нг выделенной РНК (или 20 нг из FFPE образцов). Фокус на релевантных генах позволяет с высокой чувствительностью секвенировать 8 образцов за запуск на настольном секвенаторе, представляя экономически эффективное NGS-решение для любой лаборатории.
Интуитивный анализ данных
Анализ может быть выполнен с помощью приложения RNA-Seq Alignment BaseSpace. Этот интуитивно понятное приложение выполняет обнаружение фьюженов и определение вариантов, а также определяет профили экспрессии генов, предлагая комплексное решение для всех исследователей рака.
Массив данных образцов TruSight RNA Pan-Cancer
MiSeq Data
10 нг референсной РНК человека (UHR), референсной РНК головного мозга человека (Brain), РНК клеточной линии (MCF7) и 20 нг FFPE РНК опухоли молочной железы (BT) были приготовлены с использованием TruSight RNA Pan-Cancer Panel и секвенированы на Системе MiSeq. Картирование прочтений и определение фьюженов были выполнены с использованием приложения RNA-Seq Alignment App с STAR aligner на BaseSpace Sequence Hub.
MiniSeq Data
Образцы референсной РНК человека (HBRR и UHRR), клеточной линии РНК (MCF7) и РНК опухоли молочной железы были приготовлены с использованием TruSight RNA Pan-Cancer panel, и 8 образцов были секвенированы на системе MiniSeq при длине прочтения 2x76 bp с одной индексацией. Общий выход составил 4,2 Gb с 96,8% оснований на уровне Q30 или выше.
Доступ к этим данным требует входа в BaseSpace Sequence Hub. Регистрация в BaseSpace Sequence Hub.
Спецификации
Время анализа | 2,5 дня |
---|---|
Время непосредственно ручной работы | 11 часов |
Количество стартового материала | 10 нг выделенной РНК, 20 - 100 нг FFPE РНК |
Описание |
Комплексная оценка ассоциированных с раком транскриптов РНК, которая позволяет исследовать фьюжены генов, варианты и изменения экспрессии генов при различных типах рака |
Особенности содержимого |
1 385 таргетных генов и 21 043 таргетных участков экзонов. Включает 507 генов, образующих фьюжены, ассоциированные с раком |
Мультиплексирование | До 96-plex |
Для работы с какими платформами подходит |
MiniSeq, MiSeq, MiSeqDx (в исследовательском режиме), NextSeq 500, NextSeq 550 |
Класс вариаций |
Gene Fusions, Novel Transcripts, Somatic Variants, Transcript Variants |
Тип нуклеиновой кислоты | РНК |
Специализированные типы образцов |
Ткани FFPE, образцы с малым количеством стартового материала |
Метод |
Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing |
Для исследования каких видов подходит |
Человек |
Тип рака |
Pan-Cancer |
Технология | Секвенирование |
Рекомендации по проекту
Секвенатор |
Рекомендуемое количество образцов | Длина прочтения |
---|---|---|
MiniSeq |
Образцов за запуск: mid output: 2-3, high output: 8 (на основе 3 млн. прочтений на образец) |
до 2 х 75 п.о. |
MiSeq |
8 образцов за запуск - реагенты v3 (на основе 3 млн. прочтений на образец) |
до 2 х 75 п.о. |
Сравнение наборов
TruSight RNA Pan-Cancer panel |
TruSight RNA Fusion Panel |
|
Время анализа | 2,5 дня |
2,5 дня |
Время непосредственной работы руками | 11 часов |
11 часов |
Особенности содержимого |
1 385 таргетных генов и 21 043 таргетных участков экзонов. Включает 507 генов, образующих фьюжены, ассоциированные с раком. |
Панель, направленная на исследование 507 генов, образующих фьюжены, и включающая 7690 экзонов |
Количество стартового материала |
10 нг выделенной РНК, 20 - 100 нг FFPE РНК |
10 нг выделенной РНК, 20 - 100 нг FFPE РНК |
Описание |
Комплексная оценка ассоциированных с раком транскриптов РНК, которая позволяет исследовать фьюжены генов, варианты и изменения экспрессии генов при различных типах рака |
Позволяет исследовать фьюжены с участием как известных, так и новых, не описанных ранее партнёров, с простым биоинформатическим анализом |
Для исследования каких видов подходит |
Человек |
Человек |
Тип рака |
Pan-Cancer |
Pan-Cancer, Солидные Опухоли |
Специальные типы образцов |
ткань FFPE, образцы с малым количеством стартового материала |
ткань FFPE, образцы с малым количеством стартового материала |
MiSeq System