AmpliSeq for Illumina Focus Panel
AmpliSeq for Illumina Focus Panel
AmpliSeq for Illumina Focus Panel ― это панель для анализа биомаркеров 52 генов, ассоциируемых с развитием солидными опухолей. C помощью данной панели можно анализировать как ДНК, так и РНК одновременно. Ключевые особенности:
Содержимое набора
Панель нацелена на изучение биомаркеров 52 генов, ассоциируемых с развитием солидных опухолей.
Быстрый, оптимизированный рабочий процесс
Подготовка библиотеки для секвенирования всего за один день из всего 1 нг стартового материала высокого качества или 10 нг образца FFPE
Точные данные
Определение соматических мутаций as low as 5% variant allele frequency using local or cloud based analysis
Панель Focus является частью общего рабочего процесса, который включает в себя подготовку библиотек по технологии AmpliSeq для Illumina, основанную на полимеразной цепной реакции (ПЦР), секвенирование нового поколения Illumina по технологии sequencing by synthesis (SBS), и автоматизированный анализ.
Эта ready-to-use панель экономит исследователям время и усилия по определению таргетов, разработке праймеров и оптимизации панелей.
Спецификации
| Число ампликонов |
всего 553, 2 пула (ДНК пул: 269 ампликонов. РНК пул: 284 ампликонов.) |
|---|---|
|
Время анализа |
5-6 часов (время включает в себя только подготовку библиотеки и не включает в себя определения качества библиотеки, нормализацию или пулирование) |
|
Время ручного труда |
<1,5 часа |
| Тип нуклеиновой кислоты | ДНК |
| Количество стартового материала | 1–100 нг (рекомендуется 10 нг на пул) |
| Особенности содержимого |
таргеты ДНК и РНК для 52 онкогенов |
| Multiplexing | 96 dual index combinations |
| Механизм действия | Мультиплексная ПЦР |
|
Для исследования каких видов подходит |
Человек |
| Метод |
Amplicon Sequencing, Targeted DNA Sequencing, Targeted RNA Sequencing |
| Класс вариаций |
Copy Number Variants (CNVs), Gene Fusions, Insertions-Deletions (indels), Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), Somatic Variants |
| Для работы с какими платформами подходит |
iSeq 100, MiniSeq, MiSeq, MiSeqDx (в исследовательском режиме) |
| Специальные типы образцов | кровь, FFPE |
| Технология | Секвенирование |
Равномерность охвата
ДНК, выделенную из образца ткани FFPE невысокого качества и образцов высокого качества, оценивали на наборе AmpliSeq for Illumina Focus Panel и секвенировали на системах MiniSeq и MiSeq. Cq - показатель качества ДНК, изолированного из тканей FFPE.
Высокое соответствие между ожидаемой и обнаруженной вариацией частоты
ДНК, выделенную из образца ткани FFPE высокого качества, оценивали на наборе AmpliSeq for Illumina Focus Panel и секвенировали на системах MiniSeq и MiSeq. Результаты показали 100% совпадение с ожидаемой частотой.