Nextera Mate Pair Library Prep KitВЕРНУТЬСЯ НАЗАД

Nextera Mate Pair Library Prep Kit

Этот набор пробоподготовки позволят при минимальном количестве исходной ДНК получать без использования геля mate-pair библиотеки с максимальной длиной фрагментов до 12 kb.

Nextera Mate Pair Library Preparation Kit - идеальный набор для секвенирования de novo, доработки генома и выявления структурных изменений. Он совместим с большими геномами - даже с самыми сложными геномами, такими как геномы раковых клеток.

  • Секвенируйте ценные образцы, когда имеется малое количество стартового материала ДНК

  • Создавайте разнообразные библиотеки с высочайшим качеством данных

  • Подготовьте библиотеки для секвенирования менее чем за два дня


Требует в 10 раз меньше материала ДНК, чем другие протоколы

Доступны как протоколы без геля, так и с ним:

  • Протокол без использования геля предназначен для mate pair секвенирования при ограниченном количестве ДНК. Он предназначен для таких целей, как, например, сборка малых геномов de novo.

  • Протокол с использованием геля идеально подходит для сборки сложных геномов de novo.

Разнообразие библиотек и улучшенное качество данных

Набор обеспечивает идентифицируемые границы сиквенса для точной идентификации двух половин фрагмента mate pair.

  • Биотинилирует молекулы ДНК только в местах фрагментации, избегая проблемного внутреннего биотинилирования

  • Позволяет создавать миллионы уникальных фрагментов

  • Большее разнообразие библиотек приводит к меньшему количеству повторных прочтений и лучшему качеству данных

Быстрый и простой рабочий процесс

В наборе Nextera Mate Pair используются мастер-микс реагенты TruSeq DNA Library Preparation, что позволяет сократить количество необходимых этапов анализа и время непосредственно ручной работы.

  • Меньшее количество шагов пипетирования упрощает рабочий процесс и уменьшает количество теряемого материала образца

  • Вариант протокола без геля и реакции на шариках упрощают этапы очистки и сокращают время непосредственно ручной работы.

Спецификации

Время анализа
1,5-2 дня
Время работы руками
1,5-2 часа
Тип нуклеиновой кислоты  ДНК
Количество стартового материала 1 мкг ДНК для протокола без геля, 4 мкг ДНК для протокола с гелем
Мультиплексирование Может мультиплексировать до 12 образцов, в зависимости от размера генома. Совместим с большинством геномов ДНК.
Механизм действия Методы, которые нацелены на место соединения больших кольцевых фрагментов.
Для исследования каких видов подходит
Человек, Бактерии, Другие, Крыса, Растение, Млекопитающее, Мышь
Метод De Novo секвенированиеLong-Read СеквенированиеПолногеномное секвенирование
Класс вариаций Инделы (вставки-делеции), Однонуклеотидный полиморфизм (SNP), Структурные варианты
Для работы с какими платформами подходит HiSeq 2500, HiSeq 3000, HiSeq 4000,  MiSeq
Технология Секвенирование 

Рекомендации по проекту

Секвенатор
Рекомендуемое количество образцов Длина прочтения
NextSeq 550        1 образец за запуск (на основе эукариотического генома)
до 2 х 150 п.о.
HiSeq 2500        от 10 до 15 образцов за запуск (две проточные ячейки; эукариотический геном)
до 2 х 150 п.о.

De Novo Assembly with Mate Pairs

nextera-mate-pair-library-prep-kit-web-graphic.png

Использование комбинации коротких и длинных размеров вставки с секвенированием с парных концов приводит к максимальному охвату генома для сборки de novo. Поскольку большие вставки могут спаривать прочтения на больших расстояниях, они обеспечивают лучшую способность считывать часто повторяющиеся последовательности и области, где произошли большие структурные перестройки. Короткие вставки, секвенируемые с большой глубиной, могут заполнить пропуски, пропущенные большими вставками, чередующимися с меньшей глубиной. Так, библиотека из коротких и длинных вставок обеспечивает лучшую сборку de novo, что приводит к меньшему количеству разрывов, большим контигам и большей точности секвенирования.