Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus
Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus
Быстрая подготовка библиотеки из различных типов образцов для изучения кодирующего и некодирующего транскриптома с широкими возможностями для исследования.
Набор Illumina Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus эффективен для анализа кодирующей и различных форм некодирующей РНК. Набор обеспечивает надежное обнаружение альтернативных транскриптов, фьюженов генов и аллель-специфической экспрессии.
Исключительная производительность
Набор Illumina Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus основан на технологии лигирования TruSeq, которая упоминается в более чем 9 926 публикациях с 2011 года. Этот метод лигирования обеспечивает высокую однородность покрытия, точную информацию о цепи, а также надежную подготовку библиотеки даже из деградированних образцов.
Универсальность для различных исследований
Для использования Illumina Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus необходимо от 1 нг до 1000 нг* исходного материала РНК. Он совместим с различными типами образцов, включая FFPE и другими образцами низкого качества. Включенный Ribo-Zero Plus удаляет избыточную РНК у множества видов, включая образцы человека, мыши, крысы, бактерий и эпидемиологических образцов.
Быстрый и удобный для автоматизации рабочий процесс
На подготовку библиотеки понадобится всего 7 часов. Методы автоматизации, разработанные партнёрами и признанные компанией Illumina, станут доступны в ближайшее время.
Масштабное секвенирование
Набор позволяет мультиплексировать до 384 образцов и секвенировать их за один запуск. (Наборы индексов A и B уже доступны; наборы C и D скоро появятся) Количество образцов, секвенируемое за запуск, зависит от производительности секвенатора.
*Этот диапазон указан для высококачественной РНК. Рекомендуется использовать 10 нг для получения наилучших результатов, а также при работе с FFPE или деградированными образцами.
Спецификации
|
Время анализа |
~7 часов |
|---|---|
|
Время ручной работы |
< 3 часов |
| Тип нуклеиновой кислоты | РНК |
| Количество стартового материала |
1-1000 нг РНК для образцов стандартного качества. Рекомендуется минимум 10 нг РНК для оптимального результата и образцов FFPE |
| Особенности содержимого |
Захватывает кодирующую РНК и различные формы некодирующей РНК |
|
Описание |
Для секвенирования полного транскриптома нескольких типов образцов. Включает в себя модуль Ribo-Zero plus для удаления излишних транскриптов нескольких видов |
| Мультиплексирование | До 384 уникальных двойных индексов (UDI) |
| Механизм действия |
Ферментативное удаление рРНК, добавление адаптеров и индексов на основе лигирования |
|
Для исследования каких видов подходит |
Человек, Мышь, Вирус, Крыса, Бактерии |
| Виды. Примечание |
Ribo-Zero Plus включен для удаления избыточных транскриптов разных видов, включая: цитоплазматическую и митохондриальную рРНК человека, рРНК мыши, рРНК крысы, рРНК грамположительных и грамотрицательных бактерий, транскрипты бета-глобина человека |
| Метод |
Секвенирование полного транскриптома |
| Класс вариантов |
Фьюжены генов, новые транскрипты, однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), варианты транскриптов |
| Совместимость | Набор совместим со всеми системами секвенирования Illumina, и тщательно проверен на системах NextSeq 500/550 и NovaSeq 6000 |
| Для работы с какими платформами подходит |
HiSeq 2500, HiSeq 3000, HiSeq 4000, NextSeq 2000, NextSeq 500, NextSeq 550, NovaSeq 6000 |
| Особые типы образцов | ткани FFPE, низкое количество материала образца |
| Стренд-специфичность набора | Специфичен |
| Технология | Секвенирование |
| Возможность автоматизации | Автоматические станции пипетирования |
Рекомендации по проекту
|
Секвенатор |
Рекомендуемое количество образцов | Длина прочтения |
|---|---|---|
| NextSeq 550 |
Mid output: 2 High output: 8 (из расчета 50 миллионов прочтений на образец) |
2 х 75 п.о. |
| NextSeq 2000 |
Анализ полного транскриптома: 8 (P2) -50 (P3) образцов за запуск (из расчета 50 миллионов прочтений на образец) |
2 х 75 п.о. |
| NovaSeq 6000 |
Анализ полного транскриптома: SP: 16 S1: 32 S2: 82 S4: 384 образцов за запуск (из расчета 50 миллионов прочтений на образец) |
2 х 75 п.о. |
Сравнение с другими наборами
|
|
Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus |
TruSeq Stranded Total RNA | TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Globin |
|---|---|---|---|
|
Время анализа |
~7 часов |
11,5 часов | |
|
Возможность автоматизации |
Автоматические станции пипетирования |
Автоматические станции пипетирования |
Автоматические станции пипетирования |
|
Особенности содержимого |
Захватывает кодирующую РНК и различные формы некодирующей РНК |
Захватывает кодирующую РНК и различные формы некодирующей РНК |
Захватывает кодирующую РНК и различные формы некодирующей РНК |
| Описание |
Для секвенирования полного транскриптома нескольких типов образцов. Включает в себя модуль Ribo-Zero plus для удаления избыточных транскриптов нескольких видов |
Для секвенирования полного транскриптома. Версия Total RNA удаляет цитоплазматическую рРНК, а версия Total RNA Gold удаляет цитоплазматическую и митохондриальную рРНК. |
Для секвенирования полного транскриптома из выделенной из крови РНК. истощает цитоплазматическую и митохондриальную рРНК плюс мРНК глобина. |
|
Время ручной работы |
< 3 часов | 5,5 часов | |
| Механизм действия | Ферментативное удаление рРНК, добавление адаптеров и индексов на основе лигирования |
Удаление рРНК с помощью микрогранул, синтез кДНК и ПЦР |
Истощение рРНК на основе шариков, синтез кДНК и ПЦР |
| Метод | Секвенирование полного транскриптома | Секвенирование полного транскриптома | Секвенирование полного транскриптома |
| Мультиплексирование | До 384 уникальных двойных индексов (UDI) |
Наборы с низкой производительностью: пул до 12 образцов. Или пул до 24 образцов с комплектами A и B вместе; Наборы с высокой производительностью: подготовьте 96 индексированных образцов, используя либо комбинаторные двойные индексы, либо уникальные двойные индексы (скоро станут доступны) |
Наборы с низкой производительностью: пул до 12 образцов. Или пул до 24 образцов с комплектами A и B вместе; Наборы с высокой производительностью: подготовьте 96 индексированных образцов, используя либо комбинаторные двойные индексы, либо уникальные двойные индексы (скоро станут доступны) |
|
Для исследования каких видов подходит |
Человек, Мышь, Вирус, Крыса, Бактерии |
Человек, Мышь, Крыса | Человек, Мышь, Крыса |
| Технология | Секвенирование | Секвенирование | Секвенирование |
Вспомогательные данные и цифры
Удаление рРНК у разных видов с набором Illumina Stranded Total RNA Prep с Ribo-Zero Plus
Сверху - Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus эффективно удаляет рРНК человека, мыши, крысы и бактерий в одной пробирке. Результаты сравнимы с TruSeq Stranded Total RNA в паре с Ribo-Zero Gold для видов млекопитающих и Ribo-Zero Bacteria для E.coli (данные B. subtilis не показаны). Снизу - истощение мРНК глобина из лейкоцитов периферической крови человека с помощью Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus
Виды РНК, подвергаемые удалению
Высокая равномерность покрытия
Illumina Stranded Total RNA Prep обеспечивает высокую равномерность покрытия для (A) высококачественной и синтетически деградированной универсальной человеческой эталонной РНК (RIN = 2) и (B) РНК из FFPE при 100 нг и 10 нг стартового материала. Образец FFPE имел показатель качества DV200 55%. Все библиотеки были секвенированы на системе NovaSeq 6000 с 50 млн. прочтений. Анализ данных проводился с использованием приложения BaseSpace RNA-Seq Alignment v2.0.1.
Сравнение показателей эффективности
Сверху - Сравнение Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus с TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero. Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus был более эффективен, особенно при низком количестве материала - 10 нг и 1 нг универсальной человеческой эталонной РНК. Библиотеки были секвенированы в системе NextSeq 550 при 30 млн. прочтений на образец. Процент дубликатов рассчитывался на подвыборке из 4 млн. прочтений на образец и анализировался с помощью приложения BaseSpace RNA-Seq Alignment App v2.0. Снизу - показатели производительности для Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus.
Высокая согласованность данных
Illumina Stranded Total RNA Prep обеспечивает высокую согласованность данных между (A) 1 нг и 100 нг стартового материала универсальной человеческой эталонной РНК и (B) техническими репликами 10 нг РНК из FFPE. Библиотеки секвенировали на системе NovaSeq 6000 при 2 × 74 п.о. Анализ данных проводился с использованием приложения BaseSpace RNA-Seq Alignment v2.0.1..
Рабочий процесс Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus
Illumina Stranded Total RNA Prep обеспечивает быстрый рабочий процесс с сокращенным временем работы руками. Время может варьироваться в зависимости от используемого оборудования, количества обрабатываемых образцов, процедур автоматизации или опыта пользователя.